Docelową siedzibą muzeum mają być najstarsze na Pradze pochodzące z XIX wieku kamienice przy ul. Targowej 50/52 , w jednej z nich mieścił dom modlitwy. W jego wnętrzu znajdują się zachowane do dziś freski przedstawiające znaki zodiaku, Ścianę Płaczu w Jerozolimie oraz grób Racheli w Betlejem.

Projekt zakłada też renowację najstarszego murowanego domu na Pradze, pochodzącego sprzed 1820 roku. Muzeum ma być gotowe w 2011 roku. Inwestycja pochłonie 45 mln zł. Część tej kwoty – 15 mln zł – pochodzi z funduszy unijnych. Resztę zapłaci miasto.